21世紀中盤、温暖化に伴う海面上昇により、人類は地上での版図を大きく失った。その混乱に呼応するかのように世界各地に現れた【霧の艦隊】にすべての海域を封鎖され、人類は疲弊の一途を辿っていた。横須賀・海洋総合学院の士官候補生・千早群像の前に現れた霧の艦隊の潜水艦【イ401】。敵であるはずのイ401、そのメンタルモデル・イオナは群像に囁く。「千早群像、私に、乗って。」閉塞した現状を打破するため、学院の同級生らと共にイ401に乗り込み、艦長として指揮を執る群像のもとに、日本政府高官である上陰龍二郎から極秘の依頼が